След кончината на архиепископ Серафим, управлението на руските църковни общини в България е възложено на архимандрит Пантелеимон (Старицки), който ги възглавява. През 1951 г. на територията на България под юрисдикцията на Московската Патриаршия се намират около 20 свещенослужители.
В края на май 1952 г. Московската Патриаршия изпраща в България в качеството му на управляващ руските православни общини протойерей Сергий Казански, клирик на Бакинска епархия. На 3 юли 1952 г. в отчет пред Крутицкия и Коломенски митрополит Николай за състоянието на руското духовенство в България, протойереят съобщава, че общината към руския храм в София наброява 500 човека, има двама свещеника, дякон и певец. Според мнението на о. Сергий Казански, само тази енория „може да се счита за нормална“, тъй като останалите „не отговарят и на минималните изисквания за църковна енория“. В девическият манастир „Покров на пресвета Богородица“ в Княжево през този период живеят игуменията, две подстригани монахини, четири расофорни и три послушници, от които три имат съветско гражданство и седем – българско.
В своя отчет протойерей Сергий Казански твърди, че съществуването на руски енории и свещеници предизвиква известно неудоволствие и досада сред българското духовенство и създава ненужно напрежение. След разговора си с главния секретар на Светия Синод на Българската църква, владиката Иона и с митрополит Кирил, бъдещият български патриарх, протойерей Сергий Казански прави следния извод: “Повечето от висшите йерарси на българката църква нямат нищо против това, че в България има руско духовенство, но те биха били много доволни, ако Руската църква предаде руските енории в тяхно владение и остави едно подворие за свое представителство в София, както има такова в Москва…“. Владиката Иона казва направо, че ако светейшият патриарх Алексий счете за необходимо и целесъобразно да предаде руските енории под юрисдикцията на Българската църква, това би било „велик акт на проява на любов към Българската църква и тя би го записала на скрижалите на своите летописи“.
На 10 ноември 1952 г. по решение на Свещения Синод на Руската православна църква, намиращите се в България руски православни енории, манастири, клир и монаси, се предават под юрисдикцията на Българската православна църква. Свещеният Синод постановява „да бъде отправена братска молба към Светия синод на Българската православна църква да прояви любов и грижа за гореизброените енории, манастири и клир и да съхрани, след приемането им в своята юрисдикция, руския стил и бит в Кокалянския манастир, съгласно молбата от братята там… От момента на подписването на приемно-предавателния акт за предаването на споменатите енории, манастири и клир под юрисдикцията на Българската православна църква, руските православни общини да се считат за ликвидирани, като прот. С. Казански остава на длъжността настоятел на Свето-Николаевския руски православен храм в София, който ще се нарича Подворие на Московската Патриаршия“.
След дълго прекъсване, през 1973 г. Московската Патриаршия отново започва да командирова настоятели на храма от СССР. През 1973-75 г. тази длъжност е заемана от клирика на Владимирска епархия протойерей Аркадий Тищук. През 1975-1985 г. настоятел на храма-подворие е клирикът на Виленско-Литовската епархия архимандрит Никита (Якерович). При него с благословението на светейшия патриарх на Москва и на цяла Русия Пимен и със съдействието на българския патриарх Максим е проведено почистване и реставрация на стенописите в храма. Работата е финансирана от българския Св. Синод, Комитетът по делата на Българската църква, Софийският градски съвет и със средства на храма и е извършена от българският Национален институт за паметниците на културата под ръководството на художничката С. Баева. За разлика от реставрацията през 1945-1946 г., когато измиването е извършено с разтворители, този път е използвана друга техника – изтриване със специални гуми, което води до значително потъмняване на стенописите. Отново е укрепен живописния слой, при което използваната техника е близо до авторската и са консервирани дървените елементи отвън и керамичния покрив. Още през 1970 г., със средства, отпуснати от Московската Патриаршия, е осъществено ново позлатяване на куполите и корнизите на храма, а през 1982 г. иконостасът е позлатен отново.
През 1972, 1975, 1977 и 1983 г. Свето-Николаевският храм е посещаван от светейшият патриарх на Москва и цяла Русия Пимен.
След заминаването на архимандрит Никита на 25 януари 1985 г., идва нов настоятел – клирикът на Кримско-Симферополската епархия протойерей Николай Дзичковски, свещеник четвърто поколение. Той също се грижи за благоустрояването на храма. През 1987 г. гробницата на владика Серафим е направена отново от многоцветен мрамор. През следващата година криптата е реставрирана напълно, като са оборудвани помещения за провеждане на енорийски събрания, репетиции на хора, канцелария за прием на посетители и библиотека. Извършено е външно боядисване на храма. Българският художник А. Радушев реставрира иконите на иконостаса. На о. Николай, който носи своето послушание в продължение на десет години, е съдено да стане свидетел и участник в новите и кардинални промени в живота на Свето-Николаевския храм в началото на 90-те години.
На 8 ноември1992 г., по случай 40-годишнината на Свето-Николаевския храм като подворие на Московската Патриаршия, е отслужен тържествен молебен, на който присъстват българският патриарх Максим, главният секретар на Светия Синод на Българската православна църква Левкийски епископ Неофит, а също така и многобройни служители на Руското посолство, начело с посланика А. А. Авдеев. Това не е просто изискване на протокола при честване на кръгла годишнина, а израз на качествените промени в руското общество. О. Николай (Дзичковски) и о. Симеон (Минчев) кръщават много възрастни и деца, венчават и младоженци, и съпружески двойки, които живеят много години само с граждански брак. Дванадесетте велики празника, отбелязвали заедно и църквата се пълнела. На тези служби се събирало множество от сътрудниците на руските учреждения, начело с посланика А.А. Авдеев и съпругата му. Възниквало особено чувство на единение у всички, които се събирали и възнасяли молитва за Отечеството си и за всички православни християни.
Значително се увеличил броят на почитащите архиепископ Серафим, измежду руснаците, поради личния им опит от усещането на чудотворната сила на обърнатата към него молитва. Книгите с проповедите му и статиите му за мнозина били истинско откритие. На гроба на владиката, където имало надпис „От чрева матере моея Ты еси мой покровитель“ (Псал. 70:6), носели все повече писъмца. Като се посъветвал с енориашите, отец Николай, поставил до гробницата нещо като пощенска кутия.
Благодарение на контактите с емигрантите от първата вълна, в руското посолство си спомнили и за руснаците инвалиди, самотни и болни, живеещи в създадения през 20-те години инвалиден дом в Княжево. В посолството събирали дарения с които били купувани подаръци за Рождество и за Пасха.
На 19 май 1994 година църквата „Свети Николай“, тържествено посрещнала Светейшия Патриарх на Москва и на цяла Русия, Алексей ІІ, който дошъл в България да посети Светейшия Български Патриарх Максим. Съвместно била отслужена заупокойна молитва при гробницата на архиепископ Серафим, който като истински руски патриот обичал православния български народ и Българската църква. По благословение на двамата патриарси било решено да се започне реставрация на руската църква.
Посолският комитет поръчал на монахини, художнички от иконописната работилница на манастира “Покров на Пресвета Богородица”, да изпишат криптата на църквата. Българските ученички на руския художник о. Николай (Шелехов) под ръководството на най-талантливата сестра, Магдалина (Начева), създали удивителни по красота и дълбина на съдържанието стенопис. Няколко сюжета обединени от темата “Архиепископ Серафим – покровител на София”. Със средствата на иконописта, художничките успели да разкажат за праведния живот на владика Серафим и за борбата му за чистотата на православието, а и за своята безгранична любов към него. Благодарение на великолепните стенописи, името на преждевременно починалата сестра Магдалина (Бог да я прости!), се съединило, завинаги с това на владика Серафим. Именно на изкусните майсторки от Покровския манастир, била поверена реставрацията на легендарното Самарско знаме и те вдъхнали нов живот в безценната реликва, символ на руско-българското братство.
Тържественото освещаване на църквата “Св. Николай”, след края на ремонтно-реставрационните работи, се превърнало в голям празник за цялата енория. Заслугите на посланика А.А. Авдеев били отбелязани с висока награда. С указ на Патриарх Алексей ІІ, той бил награден с ордена “Св. благоверен княз Даниил Московски”.
Протоиерей Николай бил сменен от енергичния протоиерей Сергей Трухачов, отец на дружно, многодетно семейство. При него бил завършен стенописът на криптата, която получила завършен вид и станала както украшение за храма, така и негова забележителност. Талантливата диригентка презвитера Любов успешно ръководела хора на руската църква, който традиционно бил един от най-добрите в София. Отец Сергий бил обичан от енориашите–пазачи на храма. Той успял да създаде, удивително доброжелателна и сърдечна атмосфера в енорията.
От 1998 до 2008 година настоятел на църквата бил протоиерей Александър Карягин, клирик от Костромска епархия.
От април 2008 година до април 2009 година, настоятел на Подворието бил игумен Исидор (Минаев), възпитаник на Спасо-Преображенския Валаамски манастир. Краткият срок на неговото служение се оказал много плодотворен. Животът на енорията станал по-активен и по-разнообразен. Във връзка със 130 годишнината от края на руско-турската освободителна война, 2008 година била обявена за година на Русия в България. Из цялата страна били служени тържествени богослужения, организирани празнични мероприятия, концерти, художествени изложби, литературни четения, в това число и фотоизложба посветена на 1020 години от Кръщението на Русия, и изложбата “Църквите на Москва”. Имало и Седмица на руската духовна култура. С празничните мероприятия, не били забравени и традиционните дейности на енорията. Успешно работело неделното училище, което се състои от няколко класа, обединяващи деца от различна възраст. Освен занятията по катехизис и църковна история, се провеждат занятия по църковно пеене и художествени занаяти. В рамките на цикъла “Какво знаем за православието?”, настоятелят на Подворието всеки месец четял богословски лекции в Руския културно-информационен център. Подворието продължава с дългогодишната си традиция да помага на престарели, инвалиди и бедни. Постоянно се извършва дейност за благоустройството и поддържането на руските гробища.
От април 2009 година изпълняващ длъжността на настоятел на Подварието е йеромонах Зотик (Гаевски). В България той е познат – тук се е учил и често е служил, както в храма-подворие, така и в храм “Св. великомъченик и целител Панталеймон” в Княжево, при руските гробища.
Из „Руската църква в София“, О. Решетникова, С. 2010.
