После кончины архиепископа Серафима управление русскими церковными общинами в Болгарии было возложено на архимандрита Пантелеимона (Старицкого), возглавлявшего их в качестве благочинного. В 1951 году на территории Болгарии в юрисдикции Московской Патриархии состояло свыше двух десятков священнослужителей.
В конце мая 1952 года Московская Патриархия направила в Болгарию в качестве нового благочинного русских православных приходов протоиерея Сергия Казанского, клирика Бакинской епархии. 3 июля 1952 года в отчете митрополиту Крутицкому и Коломенскому Николаю о состоянии благочиния в Болгарии протоиерей сообщал, что община при русском храме в Софии насчитывает 500 человек, есть два священника, диакон и псаломщик. По мнению отца Сергия Казанского, только этот приход «может считаться нормальным», в то время как остальные «не отвечают самым минимальным признакам нормального прихода». Девический монастырь Покрова Пресвятой Богородицы в Княжево состоял в тот период из игуменьи, двух манатейных монахинь, четырех рясофорных и трех послушниц, из них три имели советское гражданство и семь болгарское.
В своем отчете в Москву протоиерей Сергий Казанский утверждал, что наличие русских приходов и священников вызывает среди болгарского духовенства некоторое неудовольствие и досаду и поддерживает ненужную рознь. По результатам бесед с главным секретарем Святого Синода Болгарской Церкви владыкой Ионой и митрополитом Кириллом, будущим Патриархом, отец Сергий Казанский сделал вывод: «Высшие иерархи болгарской церкви в большинстве не имеют ничего против того, что существует русское благочиние в Болгарии, но они были бы очень удовлетворены, если бы Русская Церковь передала в их ведение русские приходы и оставила одно подворье для представительства в Софии, как это имеет место в Москве…». Владыка Иона прямо сказал, что если Святейший Патриарх Алексий найдет нужным и целесообразным передать русские приходы в юрисдикцию Болгарской Церкви, то это было бы « великим актом проявления особой любви к Болгарской Церкви и Болгарская Церковь записала этот акт на скрижалях своей церковной летописи».
10 ноября 1952 года по решению Священного Синода Русской Православной Церкви находящиеся в Болгарии русские православные приходы, монастыри, клир и монашествующие передавались в юрисдикцию Болгарской Православной Церкви. Священный Синод постановил «братски просить Святой Синод Болгарской Православной Церкви простереть любовь и заботу на вышеперечисленные приходы, монастыри и клир и сохранить, по принятию в свою юрисдикцию, русский духовный уклад и быт в Кокалянском монастыре согласно просьбы его братии…С момента подписания приемо-сдаточного акта передачи упомянутых приходов, монастырей и клира в юрисдикцию Болгарской Православной Церкви считать благочиние Русских Православных общин в Болгарии упраздненным, с оставлением прот. С.Казанского в должности Настоятеля Свято-Николаевского Русского Православного храма в Софии, который именовать Подворьем Московской Патриархии».
После долгого перерыва с конца 1973 года Московская Патриархия вновь стала командировать из СССР настоятелей храма-подворья. В 1973-1975 годах эту должность занимал клирик Владимирской епархии протоиерей Аркадий Тыщук.
В 1975-1985 годах настоятелем храма-подворья был клирик Виленско-Литовской епархии архимандрит Никита Якерович. В его бытность с 1975г. по 1977 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена и при содействии Святейшего Патриарха Болгарского Максима была проведена расчистка и реставрация стенописи храма. Работы финансировались Болгарским Св.Синодом, Комитетом по делам Болгарской Церкви , Софийским городским советом, средствами храма и производились коллективом болгарского Национального института памятников культуры под руководством художницы С. Баевой. В отличие от реставрации 1945-1946гг., когда было проведено промывание растворителями, на этот раз использовалась иная техника – стирание специальными резинками, что привело к значительному потускнению живописи. Заново был укреплен живописный слой, причем использовалась техника, близкая к авторской, были законсервированы деревянные элементы снаружи и черепичная крыша. Еще в 1970 году на средства, выделенные Московской Патриархией, было осуществлено новое золочение куполов и карнизов храма, а в 1982 году был заново позолочен иконостас.
В 1972, 1975, 1977 и 1983 годах Свято-Николаевский храм посещал Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен.
После отъезда архимандрита Никиты 25 января 1985 года прибыл новый настоятель, клирик Симферопольско-Крымской епархии протоиерей Николай Дзичковский, священник в четвертом поколении. Он, как и его предшественники, заботился о благоустройстве храма. Летом 1987 года была заново отделана многоцветным мрамором гробница владыки Серафима. В следующем году полностью отреставрирована крипта, где были оборудованы помещения для проведения приходских собраний, спевок хора, канцелярия для приема посетителей, библиотека. Была проведена внешняя покраска храма. Болгарский художник А.Радушев отреставрировал иконы иконостаса. Свое послушание отец Николай нес в течение десяти лет, и именно ему суждено было стать свидетелем и участником нового кардинального изменения в жизни Свято-Николаевского храма в начале 90-х годов.
8 ноября 1992 года по случаю сорокалетия Свято-Николаевского храма как Подворья Московской Патриархии был отслужен торжественный молебен, на котором присутствовали Болгарский Патриарх Максим, главный секретарь Святого Синода Болгарской Православной Церкви епископ Левкийский Неофит, а также многочисленные сотрудники посольства России во главе с послом А.А.Авдеевым. И это не было данью дипломатическому протоколу по случаю круглой даты, а отражением качественных перемен в российском обществе. Отец Николай (Дзичковский) и отец Симеон (Минчев) крестили тогда много взрослых и детей, венчали и молодоженов, и супружеские пары, живущие в браке много лет.Все двунадесятые праздники отмечали сообща, храм был полон. На этих службах собирались многочисленные сотрудники российских учреждений во главе с послом А.А.Авдеевым и его супругой. Возникало особое чувство единения всех собравшихся, возносивших молитву за свое Отечество, за всех православных христиан.
Значительно увеличилось число почитателей архиепископа Серафима среди русских людей, на личном опыте испытавших чудодейственную силу обращенной к нему молитвы. Для многих книги с его проповедями и статьями были настоящим открытием. На гробницу владыки с надписью «ОТЪ ЧРЕВА МАТЕРЕ МОЕЯ ТЫ ЕСИ МОЙ ПОКРОВИТЕЛЬ» (Псал.70, 6)приносили все больше писем. Посоветовавшись с прихожанами, отец Николай установил рядом с гробницей своеобразный почтовый ящик.
Благодаря контактам с эмигрантами первой волны в российском посольстве вспомнили и о русских людях, живших в созданном в 20-е годы инвалидном доме в Княжево, одиноких, больных, инвалидах. В посольстве собирали пожертвования, на которые закупались подарки к Рождеству и Пасхе.
19 мая 1994 года Свято-Николаевский храм торжественно встречал Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, прибывшего в Болгарию с визитом к Святейшему Патриарху Болгарскому Максиму. Первоиерархов сопровождали многочисленные иерархи Болгарской Церкви, не раз принимавшие участие в торжествах русского храма. Совместно была отслужена заупокойная лития у гробницы архиепископа Серафима, который как истинно русский патриот любил православный народ Болгарии, Болгарскую Церковь. По благословению двух патриархов было решено приступить к реставрации русской церкви.
По заказу посольского комитета монахини-художницы иконописной мастерской Покровского монастыря Пресвятой Богородицы расписали крипту храма. Болгарские ученицы русского художника о. Николая (Шелехова) под руководством талантливейшей сестры Магдалины (Начевой) создали росписи удивительные по красоте и глубине содержания. Несколько сюжетов объединены темой «Архиепископ Серафим – покровитель Софии». Средствами иконографии художницы сумели рассказать и о праведной жизни владыки Серафима, и о его борьбе за чистоту православия, и о своей безграничной любви к нему. Благодаря великолепным росписям имя безвременно погибшей сестры Магдалины (Царствие ей небесное!) навсегда соединилось с именем владыки Серафима. Именно искусным мастерицам Покровского монастыря была доверена реставрация легендарного Самарского знамени – они вдохнули новую жизнь в бесценную реликвию, символ русско-болгарского братства.
Большим праздником для всего прихода было торжественное освящение Свято-Николаевского храма после окончания ремонтно-реставрационных работ. Заслуги посла России А.А.Авдеева были отмечены высокой наградой – указом Патриарха Алексия II он был награжден орденом св. благоверного князя Даниила Московского.
Протоиерея Николая сменил энергичный протоиерей Сергий Трухачев, отец дружного многодетного семейства. При нем была завершена роспись крипты, которая обрела законченный вид, стала и украшением храма, и его достопримечательностью. Талантливый регент матушка Любовь успешно руководила хором русской церкви, который традиционно один лучших в Софии. Отец Сергий пользовался большой любовью прихожан, сторожилов храма, ему удалось создать удивительно доброжелательную и сердечную атмосферу в приходе.
С 1998 по 2008 гг. настоятелем Свято-Николаевского храма был протоиерей Александр Карягин, клирик Костромской епархии.
С апреля 2008 по апрель 2009 года настоятель Подворья — игумен Исидор (Минаев), воспитанник Спасо-Преображенского Валаамского ставропигиального монастыря. Недолгий срок его служения оказался очень плодотворным. Жизнь прихода стала и более активной, и разнообразной. В связи со 130-летием окончания освободительной русско-турецкой войны 2008 год был объявлен Годом России в Болгарии. По всей стране прошли торжественные богослужения, праздничные мероприятия, были организованы концерты, художественные и литературные выставки, в том числе фотовыставка, посвященная 1020-летию Крещения Руси, выставка «Храмы Москвы». Прошла Неделя русской духовной культуры. За праздничными мероприятиями не были забыты традиционные направления деятельности прихода. Успешно работала воскресная школа, которая состоит из нескольких классов, объединяющих детей разного возраста. Помимо занятий по катехизису и церковной истории проводятся занятия по церковному пению и художественным промыслам. В рамках цикла «Что мы знаем о православии?» настоятель Подворья ежемесячно читает богословские лекции в Российском культурно-информационном центре.
Подворье продолжает многолетнюю традицию оказания помощи престарелым, инвалидам и малоимущим. Постоянно ведется работа по благоустройству и поддержанию русских кладбищ.
С октября 2022 г. настоятелем храма является протоиерей Владимир Тыщук.
