Основанная в 1907 году русская церковь, как ее с тех пор называют жители болгарской столицы, предназначалась для дипломатической миссии Российского государства в Болгарии. В 1920-е годы она стала приходской церковью поселившихся в Софии русских эмигрантов и в то же время кафедральным храмом духовно окормлявшего русские православные общины в Болгарии архиепископа Серафима (Соболева). Погребенный в крипте Свято-Николаевского храма, Владыка Серафим доныне с теплой благодарностью почитается многими русскими и болгарскими верующими, ежедневно стекающимися на молитву у его гроба.
В 1953 году по взаимной договоренности Русской и Болгарской Православных Церквей русский храм во имя Святителя Николая Чудотворца стал Подворьем Московского Патриархата в Софии. В том, что это решение принесло много пользы обеим нашим Церквам, мы впоследствии убеждались вновь и вновь.
Более 50 лет Подворье осуществляет широкое церковно-представительское и пастырское служение. Оно является местом молитвенного единения и живым связующим звеном между Русской и Болгарской Церквами, умножает плоды любви и дружбы между Сестрами-Церквами России и Болгарии, между нашими народами.
Не оставляет этот русский уголок своим святым предстательством и его Небесный покровитель, глубоко почитаемый нашими благочестивыми народами Чудотворец Христов Николай. Под своды посвященного ему храма с верою, благоговением и страхом Божиим собираются богомольцы, говорящие на разных языках, но связуемые общей верою и любовью.